ความเสียหายส่วนใหญ่ของพายุโซนร้อนเมกีส่วนใหญ่อยู่ที่ ภูมิภาค วิซายัสเป็นที่พายุโซนร้อนเมกีพัดถล่มทำให้ ฝนตกหนักต่อเนื่องน้ำท่วมฉับพลันและลมแรง ทำให้เกิดน้ำท่วมและดินถล่มเป็นวงกว้างทั่วทั้งสองภูมิภาค พื้นที่บางแห่งที่ได้รับผลกระทบจากพายุโซนร้อนเมกีเพิ่งโดนไต้ฝุ่นราอีเมื่อเดือนธันวาคม พ.ศ. 2564 และเพิ่งเริ่มฟื้นตัวก่อนที่ได้รับผลกระทบของพายุโซนร้อนเมกี[39]

เมื่อวันที่ 10 เมษายน คลื่นหนักซัดทับเรือขนส่งสินค้าแบบRoll-on/roll-offในซานฟรานซิสโก เมืองเซบูทำให้มันจม และยังคว่ำเรือบรรทุกสินค้าในเมืองOrmoc [40][41][42] นักเดินทางที่เดินทางกลับบ้านในช่วงHoly Week in the Philippinesในวิซายัสตะวันออกและตอนกลางติดอยู่ที่ท่าเรือเนื่องจากสภาพอากาศเลวร้าย [43]ผู้โดยสารประมาณ 8,769 คนติดอยู่ในภูมิภาคตะวันตกของฟิลิปปินส์ [44]มีรายงานไฟฟ้าดับใน 75 เมืองและเขตเทศบาล [45]ไฟฟ้าดับยังส่งผลกระทบต่อบริการของบริษัทโทรคมนาคมในพื้นที่ [46]ณ วันที่ 29 เมษายน พ.ศ. 2565 ยังคงมีน้ำท่วมอย่างน้อย 261 พื้นที่ทั่วเมืองวิซายัสและมินดาเนา [47]

NDRRMC รายงานว่ามีผู้ได้รับผลกระทบ 2,298,780 คน โดย 886,822 คนต้องพลัดถิ่นจากบ้านของพวกเขา หน่วยงานยังรายงานผู้เสียชีวิต 214 ราย สูญหาย 132 ราย และบาดเจ็บ 8 ราย ณ วันที่ 29 เมษายน พ.ศ. 2565[48]ในเบย์เบย์เมืองรายงานผู้เสียชีวิตทั้งหมด 101 ราย สูญหาย 102 ราย และบาดเจ็บ 103 ราย โดยมีดินถล่มครอบคลุมพื้นที่ 210 ครัวเรือนในbarangay[49][50]ในเมือง Pilar, Abuyogมีผู้เสียชีวิต 26 ราย บาดเจ็บ 96 ราย สูญหาย 150 ราย และบ้านเรือน 80 % ถูกดินถล่ม The Ministry of Social Services and Development in the Bangsamoro รายงานผู้ได้รับผลกระทบอย่างน้อย 136,000 คนใน Bangsamoro Special Geographic Area (geographically in Cotabato)[51]

NDRRMC ประเมินความเสียหายทางการเกษตรที่ 2.27 พันล้านเปโซฟิลิปปินส์โดยความเสียหายโครงสร้างพื้นฐานประมาณ 6.95 ล้านเปโซฟิลิปปินส์ นอกจากนี้ บ้านเรือนเสียหาย 16,382 หลัง (โดยบ้านถูกทำลายทั้งหมด 2,258 หลัง) ทำให้เกิดความเสียหายเพิ่มเติมประมาณ 709,500 เปโซฟิลิปปินส์ โดยรวมแล้ว NDRRMC ประเมินความเสียหายอย่างน้อย 4.72 พันล้านเปโซฟิลิปปินส์ (90.8 ล้านดอลลาร์สหรัฐ) ผลมาจากพายุโซนร้อนเมกี[52]